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i18n版(1.4.7plus-u2-i18n)はeucjp版とちょっと違うらしい。Skinの設定が/default.ini.phpにあって、そこで指定されているSkinファイルの</body>あたりに埋め込めばOK。pukiwiki.skin.phpに追記してもダメでした...